Pada tahun 1988, Masjid diberi nama Al Muhajirin yang artinya Hijrah. Pemberian nama tersebut digagas oleh Alm Haji Habani Bin Aliman yang pada saat itu menjabat sebagai Kepala SMA Muhammadiyah Sampit yang merupakan ayah dari Azrun.
Setelah menyelesaikan pendidikan Strata-1 Jurusan Hubungan Internasional Fakultas Sosial Politik di Universitas Muhammadiyah Yogyakarta pada tahun 1996, Azrun (52) kemudian mulai mengajar mata pelajaran tata negara dan bahasa inggris di SMA Muhammadiyah Sampit.
Lima tahun kemudian, pada tahun 2001 hingga sekarang Azrun dipercaya menjabat sebagai Kepala SMA Muhammadiyah Sampit menggantikan ayahnya, Habani.
15 tahun kemudian, di tahun 2003 Masjid Muhajirin diperluas 100 persen lantai satu dan dua difungsikan sebagai Masjid.
“Tahun 2003 bangunan lantai 1 yang tadinya ruang Laboratorium dipindah, sehingga bangunan lantai 1 dan 2 sepenuhnya dijadikan Masjid,” kata Azrun.
Selanjutnya, pada tahun 2009 bangunan Masjid Al Muhajirin kembali direnovasi dengan rencana luas bangunan 60 x 70 meter, namun dikarenakan tanah Komplek Perguruan Muhammadiyah Sampit tidak seluas itu sehingga disepakati ukurannya 25 x 25 meter.
“Yang mengusulkan perluasan Masjid ini dulunya Pak Supian Hadi saat beliau masih menjabat sebagai Ketua DPRD Kotim, beliau sering salat Jumat di Masjid ini. Selama menjadi Bupati hanya sekali saja, setelahnya beliau tidak pernah terlihat karena mungkin kesibukan pekerjaannya semakin padat,” ujarnya.
Status tanah Masjid Al Muhajirin termasuk dalam tanah SMP Muhammadiyah Sampit yang luasnya 60 x 70 meter dan SMA Muhammadiyah Sampit luasnya 23 x 30 meter.
Pembangunan Masjid Al Muhajirin sejak tahun 2011 yang ditargetkan selesai ditahun 2012, ternyata tidak selesai karena masih kekurangan dana.
