Pesawat akhirnya take off pada pukul 08.05 waktu setempat. Dalam penerbangan ini, pilot bertindak sebagai pilot pemantau dan kopilot sebagai pilot terbang (PF).
Kemudian, saat pesawat sudah berada di ketinggian 22.000 kaki, komunikasi penerbangan beralih dari ATC Kendari ke ATC Makassar. Pesawat terus menanjak hingga ketinggian jelajah 36.000 kaki.
Setengah jam kemudian, setelah mempertahankan ketinggian jelajah, kedua pilot melepas headset dan volume pengeras suara kokpit ditingkatkan. Lalu, pilot meminta izin istirahat kepada kopilot. Saat pilot tidur, kopilot mengambil alih tugas pilot sebagai pilot pemantau.
Pada pukul 08.22 WIB, pilot terbangun dan bertanya apakah kopilot ingin istirahat. Namun, kopilot menjawab tidak. Mereka kemudian melakukan percakapan nontugas selama sekitar 30 detik dan kemudian PIC melanjutkan tidur.
Pada pukul 08.24 WIB, kopilot meminta izin Area Control Center (ACC) Makassar untuk terbang menuju 275 derajat guna menghindari cuaca buruk dan izin disetujui.
Kopilot lantas berkomunikasi dengan flight attendant melalui interphone untuk menanyakan kondisi penumpang karena merasa pesawat mengalami turbulensi ringan. Salah satu awak kabin menanggapi dan mengatakan penumpang baik-baik saja.
Pada pukul 08.42 WIB, ACC Makassar menginstruksikan untuk menghubungi ATC ACC Jakarta dan perintahnya dibacakan kembali oleh kopilot.
Instruksi dilaksanakan. Pada 08.43 WIB, kopilot melakukan kontak awal dengan ACC Jakarta dan diinstruksikan untuk mengikuti koordinat KURUS 2G Standard Instrument Arrival (STAR) serta melapor ketika pesawat sudah bebas dari kondisi cuaca buruk.
”Setelah membaca kembali instruksi ACC Jakarta, beberapa saat kemudian, SIC tidak sengaja tertidur,” ungkapnya.
Sekitar 12 menit setelah rekaman transmisi terakhir dari kopilot, petugas ACC Jakarta menanyakan berapa lama pesawat harus terbang pada jalur tersebut.
Namun, tidak ada balasan apa pun dari ruang kokpit. ACC Jakarta kemudian berupaya menghubungi kembali BTK6723. Namun, tetap tak ada jawaban.