Rasa malu, takut, dan stigma negatif yang ditanamkan pemerintah Orde Baru bertahan hingga sekarang. Jika membaca catatan sejarah dari berbagai versi berbeda, peristiwa seputar Gestapu sendiri masih menjadi misteri dan kontroversi.
Pun demikian dengan berbagai peristiwa yang terjadi setelahnya, misalnya mengenai keluarnya Surat Perintah Sebelas Maret (Supersemar) pada 1966, enam bulan setelah peristiwa Gestapu.
Catatan sejarah lainnya juga mengungkap adanya peran PKI yang lebih dulu memanas-manaskan situasi. Namun, semua masih jadi misteri yang terus diperdebatkan. PKI hingga kini masih menjadi partai atau organisasi terlarang di Indonesia.
Itu mengacu pada Tap MPRS XXV/1966 tentang Pembubaran Partai Komunis Indonesia, Pernyataan sebagai Organisasi Terlarang, di Seluruh Wilayah Negara Republik Indonesia bagi Partai Komunis Indonesia dan Larangan Setiap Kegiatan untuk Menyebarkan atau Mengembangkan Paham atau Ajaran Komunis/Marxisme-Leninisme.
Keputusan tersebut masih berlaku meski pernah diusulkan dicabut di era pemerintahan Abdurrahman Wahid. Hermawan Sulistyo, penulis buku ”Palu Arit di Ladang Tebu”, dalam sebuah wawancara dengan wartawan mengatakan, ”Kita tidak bisa melakukan anakronisme sejarah. Tidak bisa menggunakan parameter-parameter ukuran sekarang untuk menilai masa lampau. Soeharto yang jahat sekarang ini, tidak boleh dipakai untuk menilai Soeharto pada tahun 1965-1966. Tidak ada bukti keterlibatan Soeharto pada tahun 1965-1966, dan pada peristiwa G30S-nya itu sendiri. Satu-satunya (bukti) yang dielaborasi, hanya pertemuan antara Soeharto dan Latief di Rumah Sakit Angkatan Darat.”
Menurut Hermawan, dulu semua versi pemerintah menuliskan bahwa PKI adalah dalang dari peristiwa Gestapu. Sebaliknya, dari versi orang-orang PKI, mereka bilang mereka hanya kambing hitam, tentaralah yang punya konflik.
”Bagi saya jelas sekali. Yang diculik tentara, yang menyulik tentara, jadi jelas ada keterlibatan tentara. Artinya, versi tentara itu tidak benar. Tapi omong kosong juga kalau PKI tidak terlibat. Kalau kita baca seluruh teks pleidoi mereka yang diadili, mereka mengatakan, Ya, kami ikut tapi bukan partainya, hanya sebagian orang di Politbiro dan CC PKI,” kata Hermawan.
